Nell'antichità l'isola di Panarea era Euònymos (l'isola del buon nome), mentre Ikèsia era forse Basiluzzo o gli altri isolotti.

Durante il Neolitico (fine V millennio a.C.) le testimonianze di una frequentazione di Panarea, relativa ai primi insediamenti umani nelle Eolie, sono molto scarse. Per il periodo successivo, l'Eneolitico (fine III millennio), è noto un piccolo insediamento a Piano Quartara.

Con l'età del Bronzo Antico (inizi II millennio a.C.), la cultura di Capo Graziano, ha lasciato le sue tracce in singolari pozzetti scavati nella zona fumarolica della Calcara, relativi ad una attività di culto che queste genti praticavano forse verso una divinità legata al potere salutare delle fumarole.

Durante l'età del Bronzo Medio (metà II millennio a:C.) l'intervento umano più importante è stata la scelta della punta Milazzese per costruire un vilaggio, da parte di una popolazione appartenente alla cultura di Thapsos-Milazzese.

Nella parte meridionale dell'isola la rocca forma un promontorio a forma di falce che crea una profonda insenatura, la cala Junco, e che è legato al resto dell'isola da uno stretto corridoio.

Il promontorio di Panarea da il nome all'aspetto eoliano di questa cultura portata da genti siciliane. Il sito è una vera fortezza naturale, tanto difficilmente accessibile quanto facilmente difendibile.

Ecco faceva parte di quel gruppo di insediamenti dislocati nelle isole Eolie, con una organizzazione territoriale che controllava le rotte marittime di commercio e della ricerca di nuove miniere di stagno e di rame. Gli scavi archeologici hanno riportato alla luce, oltre alla suppellettile del loro artigianato anche numerosi frammenti di ceramica micenea, testimonianza di contatti con la Grecia continentale, che datano questo insediamento fra il XV ed il XIII sec. a.C.